표충서원은 본래 무안면 중산리 웅동의 현 대법사 자리에 있던 표충사가 그 시초였다. 표충사는 임진왜란 때 공을 세운 서산, 송운, 기허 3인의 대사의 위패와 영정을 모시고 향사하던 건물이었으나, 조선 말기에 관리 소홀로 퇴락하자 헌종 5년(1839) 정월에 영정사(지금의 표충사) 주지인 월파당 천유가 밀양부사 심의복과 그의 아들인 순상 심경택의 힘을 빌리고 예조의 승인을 얻어 지금의 위치인 단장면 구천리 영정사 경내로 옮기고 편액을 표충서원이라 고쳐 걸었다. 1871년(고종 8년)에 흥선대원군의 서원철폐령으로 훼철되었다가, 1883년(고종 20년) 사림의 요청으로 복원되었으며, 그 후 팔상전 자리와 현 종무소 자리 등으로 수 차례 이건되다가 근년에 들어서 현 유물관 부근에 자리 잡게 되었다.